申请签证去日本留学，但是小学是五年制，所以学制不到12年。可以吗？

没有问题。像你这样的交换学生签证很容易获得批准。另外，既然你是中国的大学生，没有理由不给你签证。另外有些国家或地区，比如香港，高中毕业不到12年，日本留学的人也很多。